Molenaarsgraaf is in de loop van de 12de eeuw kort na de ontginning van het landinwaartse gedeelte van de Alblasserwaard ontstaan.
De geschreven geschiedenis van Molenaarsgraaf (Graveland) gaat terug tot 10 februari 1244. Toen kregen de inwoners van de proost en het kapittel van St. Marie te Utrecht toestemming voor het bouwen van een kapel en de aanleg een kerkhof.
Als gegadigde voor de oudst bekende ambachtsheer van Molenaarsgraaf, toen nog Graveland geheten, komt Hendrik van Alblas in aanmerking, die in 1264 van Jan van Arkel en Willem van Brederode toestemming kreeg vanuit Cortegrave, het latere Laag-Blokland en Ottoland, het overtollige water via de Graafstroom naar het westen af te voeren.
Archeologische opgravingen hebben aangetoond dat rond 3000, 2500, 2100 en 1800 voor Christus in deze streek werd gewoond. In 1966 werd o.a. een graf van een visser uit de klokbekercultuur gevonden uit ca. 2000 voor Christus. Hij kreeg als grafgift drie benen vishaakjes mee. De mensen uit de klokbekercultuur werden begraven met opgetrokken knieën en met het gezicht naar het zuiden. De Hazendonk werd steeds opnieuw bewoond door mensen van de zgn. Hazendonk- of Vlaardingencultuur.
Molenaarsgraaf maakt sinds 1 januari 1986 deel uit van de gemeente Graafstroom.
Bezienswaardigheden
Drie gevelstenen, Graafdijk West 11 en twee gevelstenen Graafdijk West 28 geven de waterhoogten aan van enkele van de vele watersnoden die de Alblasserwaard hebben geteisterd.
Prachtige historische boerderijen zijn: Graafdijk West 3 – 4 (17de eeuw) met een hooggelegen kamer en vloeddeur, Graafdijk West 10 –11 (18de eeuw), Graafdijk West 27 – 28 (17de eeuw), Graafdijk West 29, Graafdijk Oost 1 (17de eeuw) geblokte ontlastingsbogen, sierankers en opkamer, Graafdijk Oost 6 (18de eeuw), Graafdijk Oost 12 (17de eeuw), Graafdijk Oost 24 (17de eeuw) vloeddeur met trap van natuursteen, Graafdijk Oost 51 (17de eeuw) met rieten zadeldak en inrijdeuren onder dakkapel.
Karakteristiek zijn de stoepen langs de Graafstroom. Hier werd vroeger de ‘stoep gedaan’ d.w.z. melkbussen, emmers, tonnen en vaten die gebruikt werden bij het kaasmaken, werden hier schoongemaakt. Ook het vaatwerk en de was werden hier gedaan. De stoep werd ook gebruikt voor het laden en lossen van de melkbussen, die met de melkschuit werden vervoerd van en naar de zuivelfabriek Graafstroom te Bleskensgraaf.
Het éénbeukige schip van de fraai gerestaureerde kerk dateert uit de 16de eeuw. Het smallere driezijdige koor is ouder en stamt uit de 15de eeuw. De eiken preekstoel is van 1640. De klok is uit 1805 van schout Kuipéri. Er liggen 22 grafstenen; de oudste is van ambachtsheer Floris Egbertsz. overleden in 1526. Op de kerk bevindt zich een ooievaarsnest.
Ten westen van de kerk staat de mooie pastorie, een vierkant huis. De indeling is nagenoeg symmetrisch, met een centrale gang en aan weerszijden kamers. Deze indeling is ook op de verdieping gehanteerd. Het huidige predikantshuis dateert uit 1853. Aan de andere zijde van de kerk geeft een hek met twee doodshoofden toegang tot de begraafplaats. Op dit kerkhof liggen o.a. zes Engelse militairen begraven die in de dorpskern van Molenaarsgraaf tijdens de Tweede Wereldoorlog met een vliegtuig zijn neergestort. Jaarlijks vindt hier de dodenherdenking plaats.
Ten oosten van de kerk staat een stenen poldermolen. Deze is in 1844 gebouwd en ingericht met meubels uit grootmoederstijd.
Het gebouw over de Graafstroom, Nieuwe Dam 1, geeft aan hoe moeilijk het destijds was een geschikte locatie te vinden voor een nieuw gemeentehuis van de dorpen Molenaarsgraaf en Brandwijk. Molenaarsgraaf wilde niet dat het in Brandwijk werd gebouwd en andersom ook niet. Dan maar op de grens van beide dorpen. Een niet fraaie oplossing van de toenmalige dorpspolitiek.